งานตรวจสอบภายในเป็นลักษณะงานสนับสนุน
ผู้รับผิดชอบในการปฏิบัติหน้าที่งานตรวจสอบ
จึงไม่ควรมีอำนาจสั่งการหรือมีอำนาจบริหารงานในสายงานที่ตรวจสอบ
และต้องมีความเป็นอิสระใน กิจกรรมที่ตนตรวจสอบ
เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปอย่างอิสระทั้งในการปฏิบัติงานและทัศนคติของ
ผู้ตรวจสอบ ความเป็นอิสระมีองค์ประกอบที่สำคัญ 2 ส่วน ได้แก่
1. สถานภาพในองค์กรของผู้ตรวจสอบภายใน
และความสนับสนุนที่ผู้ตรวจสอบภายในได้รับจากฝ่ายบริหาร
นับว่าเป็นปัจจัยที่สำคัญยิ่งที่ส่งผลกระทบต่อระดับคุณภาพ และคุณค่าของบริการที่
ผู้ตรวจสอบภายในจะให้แก่ฝ่ายบริหาร ผู้ตรวจสอบภายในควรขึ้นตรงต่อผู้บริหารสูงสุด
เพื่อที่จะสามารถปฏิบัติงานได้ในขอบเขตที่กว้าง และเพื่อให้ข้อตรวจพบ
ข้อเสนอแนะต่าง ๆ
จะได้รับการพิจารณาสั่งการให้บังเกิดผลได้อย่างมีประสิทธิภาพเพียงพอ
การกำหนดสายการบังคับบัญชาให้ขึ้นตรงต่อผู้บริหารสูงสุด
จะทำให้ผู้ตรวจสอบภายในมี อิสระในการตรวจสอบ และทำให้สามารถเข้าถึงเอกสาร หลักฐาน
และทรัพยากรต่าง ๆ
รวมทั้งบุคคลที่เกี่ยวข้องกับการปฏิบัติงานที่ต้องได้รับการตรวจสอบ
2. ผู้ตรวจสอบภายในไม่ควรเข้าไปมีส่วนได้เสีย หรือส่วนร่วมในการปฏิบัติงานขององค์กร ในกิจกรรมที่ผู้ตรวจสอบภายในต้องตรวจสอบหรือประเมินผล ผู้ตรวจสอบภายในต้องมีความเป็นอิสระทั้งในการปฏิบัติงานและการเสนอความเห็นในการตรวจสอบ ดังนั้น จึงมิควรเป็นกรรมการในคณะกรรมการใด ๆ ขององค์กรหรือหน่วยงานในสังกัดอันมีผลกระทบต่อความเป็นอิสระในการปฏิบัติงานและการเสนอความเห็น
จริยธรรมของผู้ตรวจสอบภายใน
เพื่อเป็นการยกฐานะและศักดิ์ศรีของวิชาชีพตรวจสอบภายใน
ให้ได้รับการยกย่องและ ยอมรับจากบุคคลทั่วไป
รวมทั้งให้การปฏิบัติหน้าที่เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ ผู้ตรวจสอบภายในควร
ยึดถือและดำรงไว้ซึ่งหลักปฏิบัติดังต่อไปนี้
1. ความมีจุดยืนที่มั่นคง ในเรื่องของความซื่อสัตย์
ความขยันหมั่นเพียร และความรับผิดชอบ
2. การรักษาความลับ
ในเรื่องของการเคารพต่อสิทธิแห่งข้อมูลที่ได้รับทราบ
3. ความเที่ยงธรรม
ในเรื่องของการไม่มีส่วนเกี่ยวข้องหรือสร้างความสัมพันธ์ใด ๆ ในอันที่
จะทำให้มีผลกระทบต่อความเที่ยงธรรมในการปฏิบัติงาน
4. ความสามารถในหน้าที่ ในเรื่องของความรู้ ทักษะและประสบการณ์ในงานที่ทำ
ปฏิบัติงาน ตามมาตรฐานการตรวจสอบภายในและพัฒนาตนเองอย่างต่อเนื่อง